Da 2. verdenskrig nåede til Danmark, blev også Skagen besat. Den 9. april om eftermiddagen ankom de tyske tropper til Skagen. Tyskerne lagde miner ud i Nordsøen, og det blev derfor forbundet med stor risiko at sejle, så englandsfiskeriet stoppede, og fiskerne blev hjemme. Mange Skagen kuttere blev sprængt ved møde med tyskernes miner. Også andre skibe gik til på grund af krigen. Man oplevede det største tyske skibsforlis, da “Pionier”, der var et troppetransportskib med 823 personer om bord, blev skudt i sænk.

Også i byen mærkede man besættelsesmagtens tilstedeværelse. Skagen var strategisk meget vigtig for tyskerne. De befæstede byen med bunkers og kanonstillinger. Mange af hotellerne var beslaglagt af tyskerne.

Mange fiskere fra Skagen var aktive med at fragte jøder, modstands folk og allierede flyvere til Sverige og de satte derved livet på spil. Efter krigen var Skagen hjemsted for mange flygtninge, som boede i flygtningelejre i byen.

Trods mange forsøg på at fjerne de bunkers, som tyskerne har efterladt, er der stadig mange tilbage rundt omkring. Området, hvor de ligger er et pragtfuldt naturområde, og rigtig mange mennesker færdes på og omkring på de mange bunkers ved Grenen, der hvert år besøges af i tusindvis turister. Man skal dog færdes med forsigtighed ved de bunkers, der ligger her. Der er mange steder blotlagt armeringsjern, som er meget spidse.

To unge mænd har selvstændigt for egne midler istandsat en af de efterladte bunkers. Den var under krigen en sanitet bunkers, og den blev efter istandsættelsen i 2008 åbnet som museum. I Skagen Museumbunkers har man mulighed for at gå på opdagelse i en ægte 2. verdenskrig bunkers. Der er filmrum, operationsrum, soldater og våben m.m. Under krigen fungerede den som sanitetsbunker for sårede tyske soldater.

Bunkermuseet er nærmeste nabo til Sandormens stoppested, og mange turister finder vej til museet.

Om sommeren er der mulighed for at komme med på guidede ture til nogle af de mange bunkers i området omkring Skagen.